Ozodlik uchun kurashuvchi Neo, Triniti va Morfeus insonlarning mashinalar armiyasiga qarshi isyoniga rahbarlik qilishni davom ettirishadi. Ular nafaqat eng yaxshi qurollar arsenali, balki o'zlaridagi g'aroyib qobiliyatlardan foydalanishga majbur. Inson zotini qirilib ketishdan qutqarish vazifasidagi ishtiroklari, ularga Matritsani yanada chuqurroq tushunishadiu va Neoning insoniyat taqdiridagi rolini anglay boshlashadi.