Зартан, выдающий себя за президента США, решает избавиться от отряда G. I. Joe и обвиняет бойцов в краже ядерных боеголовок из Пакистана. Под предлогом выполнения очередной миссии команду отправляют на отдалённый полигон, а ночью по отряду наносится авиаудар. После нападения в живых остаются лишь Роудблок, Флинт и Леди Джей, которые решают восстановить справедливость и отомстить за павших товарищей, вновь вступив в битву с «Коброй».